Цена доставки диссертации от 500 рублей 

Поиск:

Каталог / БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ / Молекулярная биология

Изучение взаимодействия TFIID - общего фактора транскрипции и PBAP - комплекса, ремоделирующего хроматин

Диссертация

Автор: Сошникова, Наталия Валерьевна

Заглавие: Изучение взаимодействия TFIID - общего фактора транскрипции и PBAP - комплекса, ремоделирующего хроматин

Справка об оригинале: Сошникова, Наталия Валерьевна. Изучение взаимодействия TFIID - общего фактора транскрипции и PBAP - комплекса, ремоделирующего хроматин : диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03 / Сошникова Наталия Валерьевна; [Место защиты: Ин-т биологии гена РАН] - Москва, 2009 - Количество страниц: 91 с. ил. Москва, 2009 91 c. :

Физическое описание: 91 стр.

Выходные данные: Москва, 2009






Содержание:

Список сокращений
Введение
Обзор литературы
1 Общие принципы инициации транскрипции
11 Организация промотора Ю
12 Нуклеосомная организация промотора
13 Сборка преинициаторного комплекса
2 Общий фактор транскрипции TFIID
21 ТВР
22 Структура TFIED
23 Ферментативные активности субъединиц TFIID
3 Ремоделирование хроматина
31 Классификация ремоделирующих комплексов
32 SWI/SNF семейство
33 Доменная структура субъединиц ВАР и РВАР комплексов
331 Домены, опосредующие белковые взаимодействия
332 ДНК-связывающие домены
333 Актин как компонент SWI/SNF комплексов
34 Функции ВАР и РВАР комплексов
35 Механизм действия SWI/SNF комплексов
4 Упорядоченное рекрутирование: ген-специфичный механизм активации транскрипции
Экспериментальная часть
1 Объекты и задачи исследования
2 Материалы и методы
21 Материалы
211 Штаммы и вектора Е Coli
212 Клеточные линии
213 Работа с дрозофилами
214 Бактериальные среды
215 Ферменты и реактивы 5 о
216 Антитела
217 Праймеры
22 Работа с клетками
221 Трансформация S2 клеток
222 РНК интерференция
23 Работа с ДНК
231 Приготовление компетентных клеток
232 Трансформация бактерий
233 Щелочное выделение плазмидной ДНК
234 Обработка ДНК рестриктазами
235 Лигирование
236 Выделение геномной ДНК из мух
237 Гель-электрофорез ДНК
238 ПЦР (PCR)
239 Секвенирование ДНК
24 Работа с РНК
241 Получение двухцепочечной РНК
25 Работа с белками
251 Экспрессия и очистка рекомбинантных белков
252 Получение антител и их очистка
253 Белковый гель-электрофорез
254 Вестерн-блот анализ
255 Соосаждение беклов антителами (иммунопреципитация)
256 Дот-блот анализ
257 Получение белковых экстрактов из S2 клеток
258 Выделение эмбрионального ядерного экстракта
259 Хроматографическая очистка комплекса
2510 Гель-фильтрация
2511 Фингер-принтный анализ с использованием MALDI-TOF масс-спектроскопии
26 Иммуноокрашивание политенных хромосом
27 Хроматиниммунопреципитация (ChIP)
28 Использованное программное обеспечение 62 3 Результаты
31 Очистка SAYP-coдержащего комплекса из ядерного экстракта эмбрионов
32 Анализ компонентов комплекса:
321 Результаты фингер-принтного анализа с использованием MALDI
TOF масс-спектроскопии
322 Коиммунопреципитация компонентов комплекса
323 Истощение
33 Иммуноокрашивание политенных хромосом
34 Распределение компонентов комплекса на промоторе и кодирующей области SAYP-зависимых генов
35 Влияние «нокдаунов» компонентов комплекса на связывание общего комплекса с промоторами SAYP-зависимых генов:
351 Влияние «нокдауна» SAYP на распределение компонентов TFIID и
РВАР на промоторах SAYP-зависимых генов
352 Влияние «нокдауна» ВАР 170 на распределение SAYP и компонентов комплексов TFIID и РВАР на промоторах SAYP-зависимых генов
353 Влияние «нокдауна» TAF4 на распределение SAYP и компонентов 74 TFIID и РВАР на промоторах SAYP-зависимых генов
4 Обсуждение результатов
Выводы
Благодарности

Введение:
Живые организмы — сложно организованные системы, способные хранить и передавать потомкам свою генетическую информацию. Принципы и механизмы реализации наследственной информации интересуют исследователей с момента открытия основного постулата молекулярной биологии (ДНК О РНК=>бел ок). Генетическая информация о структуре отдельных белков и нуклеиновых кислот у всех организмов заключена в молекулах ДНК или РНК в виде последовательностей нуклеотидов, называемых генами. Координированная работа (экспрессия) большого числа генов возможна лишь благодаря наличию тонких регуляторных механизмов, определяющих место, время и уровень экспрессии конкретного гена или группы генов.
Экспрессия генов в эукариотической клетке представляет собой сложный многостадийный процесс, включающий. в себя: транскрипцию генов (переписывание генетической информации с ДНК на специальные матричные РНК (мРНК)), процессинг и сплайсинг мРНК (модификации мРНК и удаление избыточных частей последовательностей мРНК), экспорт упакованных мРНК из ядра в цитоплазму, трансляцию (построение на основе мРНК белковой последовательности) и посттрансляционные модификации белков. Важнейшим этапом является транскрипция, осуществляемая главным ферментом ДНК-зависимой РНК-полимеразой и многочисленными регуляторными белками — факторами транскрипции. Факторы транскрипции взаимодействуют с регуляторными нуклеотидными последовательностями генов, друг с другом, с молекулами РНК-полимеразы и необходимы для правильного узнавания транскрипционным комплексом регуляторных последовательностей в составе генов, а их координированная работа приводит к повышению или понижению уровня или активации транскрипции соответствующих генов при ответе клеток на внешние или внутренние регуляторные сигналы.
В эукариотической клетке ДНК всегда связана с белками и организована в хроматин, который находится в различных состояниях, отличающихся степенью компактизации и транскрипционной активностью. Степень компактизации хроматина определяет доступность регуляторных элементов действию транскрипционных факторов, а соответственно, и транскрипционную активность. Существуют разнообразные коактиваторы транскрипции, которые в ответ на действие активаторов способны изменять строение хроматина и структурировать ДНК-матрицу для инициации транскрипции и функционирования транскрипционного комплекса. Одними из коактиваторов транскрипции являются хроматин-ремоделирующие комплексы.
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ